Занимаясь расследованием обычного теракта отстраненные от проекта «Секретные материалы» специальные агенты Фокс Малдер и Дана Скалли неожиданно сталкиваются с явлениями, слишком неожиданными для уровня развития нашей цивилизации.  Благодаря этому они выходят на глубоко законспирированную организацию «Консорциум», которая уже полвека готовит Землю для колонизации пришельцами. Этот фильм – прямое продолжение 5 сезона сериала. В нем зритель может найти ответы на множество вопросов, встретить новые загадки. Существуют ли инопланетяне, или все это – не более чем завеса, которой правительства прикрывают свои махинации? Благодаря кому на самом деле Малдер и Скалли занимаются своими расследованиями? Будут ли герои заниматься только расследованием паранормальных явлений, или они все-таки обратят внимание друг на друга? Как протекает Колонизация? Есть ли возможность её предотвратить? Что стало причиной похищения сестры Малдера? Они все ближе приближаются к разгадке…