Глубокое Горло даёт шифрованную подсказку Малдеру. Агент должен обратить внимание на необычное происшествие: несколько раз раненный беглец бросается в озеро и уходит от полиции. Несмотря на все поиски, его тело найдено не было. Расследуя это дело, Малдер видит, что машину, на которой подозреваемый пытался скрыться от полиции, подменили. Вскоре агенты смогли найти настоящий автомобиль, принадлежащий доктору Берубе. Но он совсем не желает помогать следствию. Дело кажется безнадёжным и Фокс Малдер хочет его бросить, но Глубокое Горло смог его убедить в важности этого дела.

В тоже время в лаборатории обнаружен труп Берубе. Полицейское расследование заходит в тупик. Но когда полиция уже хотела покинуть озеро, на поверхности воды показался неизвестный беглец. Столько времени он смог находиться под водой, благодаря маленьким жабрам на шее. Человек собирался в городе встретиться с Берубе, но прямо на улице теряет сознание.

В больнице ему оказывают первую медицинскую помощь. Когда для снижения давления в грудной клетке, её пробили, из тела вырвался ядовитый газ. Воспользовавшись замешательством медицинского персонала, беглец вновь убегает. Скалли и доктор Карпентер проводят анализ колбы, взятой в лаборатории доктора Берубе. Там они находят неизвестную бактерию внеземного происхождения. Малдер находит комнату с человеческими телами, которые заключены в контейнеры, с какой-то жидкостью. Глубокое Горло объяснил, что Берубе проводил исследования внеземных вирусов. Для своих экспериментов он брал неизлечимо больных людей.

Эти исследования финансировались правительством США. Им нужны были технологии, а не жизни подопытных. Доктор Секаре, друживший с Берубе, оказался одним из таких пациентов. Когда правительство решило уничтожить Секаре, Берубе предупредил его и отдал свой автомобиль. Во время погони доктор Секаре использовал свои возможности и спрятался в озере. Скалли становится известно о смерти доктора Карпентер. Она погибла в автокатастрофе вместе со своей семьёй.

Малдеру удаётся разыскать Секаре в его доме, но появляются правительственные агенты и убивают доктора. После исчезновения Фокса Малдера, Скалли связывается с Глубокое Горло. Он посылает её на секретную базу в Мэриленде. Дана похищает оттуда инопланетный образец, чтобы поменять его на Малдера. При совершении обмена Глубокое Горло погибает, но Малдера удаётся вернуть. Несколько позднее Фокс говорит Дане, что их проект «X-Files» закрыли…